除在國內外重要期刊發表數十篇研究論文外,也出版《宜蘭縣南島民族與語言》(1996)、《台灣平埔族的歷史與互動》(1997)、《台灣南島民族的族群與遷徙》(1997, 2010修訂新版)、《高雄縣南島語言》(1997)、《台灣原住民史─語言篇》(1999)、《巴宰語詞典》(英文,與土田滋合著,2001)、《巴宰族傳說歌謠集》(英文,與土田滋合著,2002)、Selected Papers on Formosan Languages (2 vols, 2004)、《噶瑪蘭語詞典》(英文,與土田滋合著,2006)、《新港文書研究》(2010)、《珍惜台灣南島語言》(2010)等專著;校註《福爾摩沙及其住民》(J. B. Steere原著,林弘宣譯,2009)。
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